El Sudán del Sur sub-20 es el equipo nacional de fútbol masculino sub-20 de Sudán del Sur y está controlado por la Asociación de Fútbol de Sudán del Sur. El equipo representa a Sudán del Sur en las competiciones internacionales de fútbol sub-20, como la Copa Africana de Naciones Sub-20.

Sudán del Sur sub-20 participó por primera vez en una competición internacional en 2011, cuando compitió en el Campeonato Juvenil CECAFA Sub-20 de 2011. El equipo terminó en el cuarto lugar en el torneo. En 2015, Sudán del Sur sub-20 se clasificó para la Copa Africana de Naciones Sub-20 por primera vez, pero fue eliminado en la fase de grupos.

Sudán del Sur sub-20 está actualmente clasificado en el puesto 157 en el Ranking Mundial Juvenil de la FIFA. El equipo está dirigido por el entrenador en jefe Stephen Constantine.

Algunos de los jugadores más notables que han jugado para Sudán del Sur sub-20 incluyen:

* Peter Maker
* James Moga
* Chol Makelele
* Akuei Awuol
* Machar Deng