Llaneros - Femenino

La historia de Llaneros comienza con el proceso de venta de la ficha y jugadores de Academia Fútbol Club​ debido al recorte presupuestal de la caja de compensación familiar Compensar, su principal patrocinador. Que en 2004​ había adquirido la ficha del Chía Fútbol Club​ que la adquirió en el 2000 de Lanceros Boyacá.​​ La decisión de vender al equipo Mandarina fue aprobada por la Asamblea General del club el 22 de marzo de 2012.​ Posteriormente, el 27 de marzo, en la Asamblea de Clubes de la Dimayor fue aprobada la venta del equipo y su cambio de sede para mediados del año.​​

El 20 de abril de 2012 la institución Llaneros F.C. quedó conformada jurídicamente mediante escritura pública en la ciudad de Villavicencio, con presencia del empresario Jorge Leyva, el presidente de la nueva sociedad Enrique Braidy, el alcalde de Villavicencio, Juan Guillermo Zuluaga, y el gobernador del Meta, Alan Jara.​

Debuta en la Categoría Primera B el 23 de julio de 2012 contra Alianza Petrolera en el Segundo Semestre y curiosamente con el equipo que llegó a ganar el torneo finalización al Deportivo Rionegro y ganó la gran final frente al América de Cali y ascendió a la Categoría Primera A en esta temporada con derrota 0-1 en Estadio de Compensar con 500 aficionados.​

En el año 2016, el club sufrió una crisis económica y financiera donde Acolfutpro denunció al plantel del club por deuda de tres meses a los jugadores, y tampoco había para pagarle al personal de lavandería por el cual por esta razón el club no pudo usar la indumentaria oficial en los entrenamientos.​

Para el año 2016,​ la permanencia del equipo en la capital del Departamento del Meta, se vio amenazada por las dificultades económicas​ que atravesaba el Club. Sin embargo, gracias a la gestión de los directivos se logró un convenio deportivo con Santa Fe​ para la temporada de ese año.

El 6 de diciembre del año 2016 hubo una asamblea en Villavicencio, entre el presidente del club Héctor Matheus y el presidente de la Dimayor, Jorge Perdomo y las máximas autoridades del departamento del Meta y de la ciudad de Villavicencio con el fin de exponer la propuesta deportiva de la institución para fortalecer a Llaneros para la temporada 2017 en la que el alcalde de Villavicencio , Wilmar Barbosa y la gobernadora de Meta, Marcela Amaya García se comprometieron a apoyar en lo económico al club.​

Para finales del año 2016 llegaban rumores de cambio de sede del club a otra ciudad eran falsos, lo había confirmado la página oficial del club.​

En el año 2017 el club recibió un prima por parte de la gobernación del Meta juntó con la Unidad de Licores del Meta con un total de 150 millones de pesos colombianos.​ Además gracias al convenio de Cortuluá fue que logró la final de la Primera B. Aunque el club no logró su ascenso debido a inconvenientes con los directivos del mismo equipo, por esa razón tuvieron que cederle el ascenso a Itagüí Leones.​​​​​ Es la quinta vez que un equipo de Villavicencio, Regala una final de ascenso, debido a la malas directivas que siempre han tenido los equipos de dicha ciudad. Aunque el club extinto Pumas de Casanare perdió su final de ascenso del año 2003, debido a un mal arbitraje.

Para el año 2018 logró gracias a la gestión de los directivos, el club logra un convenio deportivo con Patriotas Boyacá, para la temporada de ese año.​​

Para el año 2020 se rumoraba que el club vendería su ficha al club aficionado Panteras F.C., pero eso finalmente fue descartado debido a la nueva administración del club.​

Mejores Campañas en el Torneo de Ascenso y Copa Colombia

Las campañas que hay que destacar del equipo llanero en el Torneo de Ascenso son la del primer semestre de 2013,​ donde queda cuarto en el todos contra todos, pero en cuadrangulares es superado por Unión Magdalena;​​​ la del primer semestre de 2014,​ ya que queda segundo del todos contra todos y llegó hasta semifinales quedando eliminado por América de Cali;​​ la del primer semestre de 2017,​ donde quedó cuarto en el todos contra todos y fue eliminado en cuartos de final por Boyacá Chicó​ y el segundo semestre del 2017​​ donde queda subcampeón ante Itagüí Leones​​​​​​,en el 2018​ quedó octavo en el todos contra todos clasificando a los cuadrangulares semifinales donde queda tercero del Grupo A detrás de Cúcuta Deportivo​​​​ y Cortuluá ; superando al Real Cartagena, en el torneo apertura de 2019​ quedó octavo en el todos contra todos clasificando a los cuadrangulares semifinales​ donde queda cuarto del Grupo B detrás de Deportivo Pereira,Boyacá Chicó y Deportes Quindío​​​,en el 2020​ quedó sexto en el todos contra todos y superado en el Grupo B por Atlético Huila​, en el 2022​ en el Apertura y finalización fue superado en el Grupo A por Boyacá Chicó​,en el Apertura 2023​ queda subcampeón ante Patriotas Boyacá​ y en el finalización fue superado en el Grupo B por Cúcuta Deportivo.

En Copa Colombia hay que destacar la campaña de 2014 donde llega hasta octavos de final donde queda eliminado por Junior de Barranquilla desde la definición de punto Penal. Luego de que ambos partidos jugados en Villavicencio​ y Barranquilla quedaran empatados a un gol, la definición por penales queda 4-2 a favor del equipo Costeño.​

En el 2021 ​quedó eliminado en octavos de final por La Equidad.

Escándalo por presunto arreglo

En la última fecha de los Cuadrangulares Semifinales de la Primera B 2021-II, el Unión Magdalena debía ganar como visitante a Llaneros, logrando dos goles en los minutos 90+5 y 90+6 mientras Fortaleza CEIF perdía como local 1-2 ante Bogotá F.C.. Este hecho generó la protesta de Fortaleza por la sospecha de arreglo a favor del equipo samario, debido a la pasividad de algunos jugadores de Llaneros.

"Estamos seguros, convencidos, de que hubo corrupción en el partido entre Llaneros y Unión Magdalena. El partido se arregló. El primero y el segundo gol fueron arreglados y muy evidentes. Vamos a demandar el partido para que se los den perdido a los dos y ascienda Fortaleza, y si la Dimayor y la Federación quieren sentar un precedente esto tiene que ser así. Porque allá hubo trampa, hubo arreglo entre jugadores, cuerpo técnico, directivos... Hubo trampa." Francisco Serrano, gerente de Fortaleza CEIF.​

Llaneros ejerció públicamente su derecho a la defensa, y al respecto dijo el técnico Walter Aristizábal después de la derrota:

"Competimos a la altura de lo que veníamos realizando, tuvimos muchas opciones de gol no finalizadas. Después de ir ganando, cuando nos empatan fue fatal anímicamente. Teníamos que salir a hacer cinco goles y ya estaba perdido."​

Los hechos se convirtieron en un escándalo nacional​​ solo comparable con la polémica en los Cuadrangulares Semifinales de la Primera B 2004 entre Valledupar y Real Cartagena.​ El hecho trascendió a la prensa internacional,​ y debido a las repercusiones, inclusive por parte del presidente de la República Iván Duque,​ hizo que Fernando Jaramillo, presidente de la Dimayor, ordenara una investigación de oficio por el caso.​

Sin embargo, se mantuvo el triunfo de Unión Magdalena en el Cuadrangular B y su ascenso a la Primera A 2022,​ y aunque la Final entre Cortuluá y Unión Magdalena fue programada inicialmente para el sábado 11 de diciembre,​ fue posteriormente aplazada.​ El 31 de diciembre de 2021, la Comisión Disciplinaria de la Dimayor archivó la investigación en contra del Unión Magdalena,​ pero aún se mantiene la investigación en contra de Llaneros por los hechos del partido.